Ce point d’arrêt, inauguré sous le nom de « Herzeele » le 13 décembre 1868, en même temps que la ligne 89, fut très vite reclassé en gare. Le bâtiment en briques, conforme au style de l’État belge, fut construit vers 1880. Il se compose de trois parties: au centre, le corps avec étage pour le chef de gare, assorti de deux ailes latérales asymétriques. La partie la plus longue abritait la salle des guichets et la salle d’attente, ainsi qu’un auvent. De l’autre côté se trouvaient les locaux de service pour la réception des colis. La gare était aussi équipée d’un hangar aux marchandises, d’une local des toilettes. En face de la gare, on trouvait un hangar avec deux voies de déchargement.
Le trafic a été interrompu à plusieurs reprises à Herzele pendant la première guerre mondiale. En 1938, la gare a reçu son nom actuel, « Herzele ». Après la guerre, le calme est revenu jusqu’aux années 80: en 1980, le hangar de déchargement fut fermé et remplacé par le parking de la gare. En 1990, les guichets furent fermés et le bâtiment de la gare vendu. Il existe toujours aujourd’hui en tant que maison privée, magnifiquement conservée dans son état d’origine, même l’auvent est encore présent. Vers 2015, la gare a été modernisée avec des quais surélevés et de nouveaux abris.