La gare de Papignies a été mise en service sur la ligne 90 le 1er décembre 1855 par la Compagnie du Chemin de Fer de Dendre-et-Waes et de Bruxelles vers Gand par Alost, qui a confié son exploitation à l’administration des chemins de fer de l’État-Belge. Le bâtiment principal, œuvre de l’architecte Jean-Pierre Cluysenaar comme les autres gares de la ligne, était une construction rectangulaire à 4 travées avec étage et une petite annexe à toit plat. Les installations comprenaient, outre 2 voies à quai pour les voyageurs, une cour à 2 voies.

Le bâtiment principal a été démoli vers 1980 et les installations simplifiées. Il ne subsiste que les 2 voies à quai avec abris et la maisonnette du garde-barrière au passage à niveau.