La ligne ferroviaire reliant Pepinster à Spa (44) a été ouverte à l’exploitation entre 1854 et 1855 par la Compagnie du chemin de fer de Pepinster à Spa. un des arrêts est celui de Pepinster-Cité, qui a été mis en service le 22 février 1932 par la SNCB. La gestion de ce point d’arrêt était assurée par la gare de Pepinster. Les trains on cessé de desservir cet arrêt entre 1942 et 1952. Il connut également une brève fermeture en 1957.

Les installations de Pepinster-Cité étaient particulièrement modestes: un quai en terre battue, équipé d’un banc et d’un petit abri pour les voyageurs. Le 15 juillet 2021, les violentes inondations qui ont frappé la région ont entièrement détruit les installations de l’arrêt et emporté également le pont ferroviaire franchissant la Hoëgne. D’importants travaux de reconstruction, comprenant notamment l’aménagement d’un nouveau quai, ont été réalisés. L’arrêt de Pepinster-Cité a été remis en service le 4 octobre 2021.